1．毕业设计任务的内容和要求（包括技术要求、设计条件、工作要求等）：

一、课题的意义
简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）又叫微卫星DNA是当今四大分子标记技术之一。SSR搜索的目的即是在DNA序列中将这种多次重复的二核苷酸、三核苷酸等序列找出来。为了满足从大量数据中大规模进行SSR 标记开发的需求，本课题通过对SSR 标记本身的特点以及排列组合原理的分析，使用已有的快速有效的SSR 标记开发算法，并应用C++/JAVA/C#程序设计语言开发基于本地平台的、界面友好的、使用简单的SSR标记开发软件。通过这个课题的研究和实践，可以完整的接触到实现一个商品化软件的各个环节，深刻体会多层次的软件体系结构，从而锻炼软件开发的能力，同时也拓展了软件设计的新思路。

二、设计要求：
1、待测序列（flatfile、 fasta格式）可通过直接粘贴到文本框中，也可以通过文件打开；
2、选择适当的序列比对算法，给出相关参数，组成的重复单元碱基数进行检索。
3、根据用户的不同需要输出检索结果，完全输出、部分输出或最简输出。
4、对序列进行各种转换，如大小写转换、互补以及反向互补序列的转换等等。
5、 提交相关程序代码，发布此程序。

三、需查阅的资料
(1) 查阅简单重复序列SSR相关知识；
(2) 查阅相关资料，掌握序列比对算法的编写思路；
(3) 编写软件设计文档的规范和基本要求。
2．毕业设计应提交的成果（明细列出计算书、设计说明书、图纸、计算成果、硬件实物、实验报告及工作过程中应提交的材料等）：
设计任务的提交形式和要求：
（1） 设计论文一份
（2）翻译资料一份
（3）设计作品(包括源代码一份，软件说明书一份)
3．主要参考文献：
1、SSR 标记开发软件 SSR MINING 1.0 的编制，孙佳莹，辛大伟等，2008，41（10），中国农业科学。
2、SSRHunter_一个本地化的SSR位点搜索软件的开发，李　强,万建民,27（5），遗　传HEREDITAS (Beijing)2005。
3、SSR分子标记的开发技术研究进展，唐荣华等，2002年15卷4期，西南农业学报。

4．毕业设计工作进度安排：（包括序号、起迄日期、工作内容）：
(1) 2013年3月11日 — 2013年3月15日 
接受毕业设计任务，查阅资料并完成开题报告；
(2) 2013年3月15日 — 2013年3月22日
选择开发工具，并配置其环境；
(3) 2013年3月22日 — 2013年4月 5日 
完成软件需求分析和概要设计；
(4) 2013年4月5日 — 2013年4月12日
完成软件详细设计；
(5) 2013年4月12日 — 2013年5月10日  
编写和调试程序源代码，组织数据加以测试；
(6) 2013年5月 10日 — 2013年5月24日 
整理文挡，并翻译1篇相关的外文资料；
(7) 2013年5月24日  — 2013年6月5日
撰写毕业设计论文，准备答辩资料。